据日本媒体报道，围绕STAP细胞问题，日本理化学研究所10日宣布，对论文被认定存在违规问题的小保方晴子“应予以解雇处分”。正考虑对小保方等人提起刑事诉讼，并要求归还研究费。报道指出，鉴于小保方已离职，理研无法做出实质性处分。理研从形式上下达最重处分，为被认定存在捏造和篡改的STAP问题画划上句号。
理研方面表示，正考虑对小保方等人提起刑事诉讼，并要求归还研究费。今后还将继续就是否构成盗窃和妨碍业务等刑事案件展开探讨。
关于应予以解雇处分的理由，理研解释称：“研究被认定违规。考虑社会影响后作出了上述判断。”
理研还宣布，对论文共同执笔人、山梨大学教授若山照彦应予以停止上班处分。
小保方所属的发生与再生科学综合研究中心(现为多细胞系统形成研究中心)原主任竹市雅俊遭到严重警告。另一共同执笔人、科研组带头人丹羽仁史被处以书面警告。关于已自杀身亡的副主任笹井芳树，理研表示：“为尊重故人而不予公布。”
理研去年12月公布的报告基本断定STAP细胞是混入已证实具有万能性的胚胎干细胞(ES细胞)制作而成，否定了该细胞的存在。